第25回日本蛋白質科学会年会（2025年 姫路）
- 開催日：2025年6月18日〜6月20日
- 会場：アクリエひめじ
- 年会長：井上 豪（大阪大学）
第24回日本蛋白質科学会年会（2024年 札幌）
- 開催日：2024年6月11日〜6月13日
- 会場：札幌コンベンションセンター
- 年会長：前仲 勝実（北海道大学）
第23回日本蛋白質科学会年会（2023年 名古屋）
- 開催日：2023年7月5日〜7月7日
- 会場：名古屋国際会議場
- 年会長：廣明 秀一（名古屋大学）
第22回日本蛋白質科学会年会（2022年 つくば）
- 開催日：2022年6月7日〜6月9日
- 会場：つくば国際会議場
- 年会長：千田 俊哉（高エネルギー加速器研究機構）
第21回日本蛋白質科学会年会（2021年）
- 開催日：2021年6月16日〜6月18日
- 会場：富山県民会館
- 年会長：水口 峰之（富山大学）
第20回日本蛋白質科学会年会（2020年）
開催日：2020年7月7日〜7月9日会場：札幌コンベンションセンター- 年会長：養王田 正文（東京農工大学）
第71回日本細胞生物学会大会 合同年次大会
第19回日本蛋白質科学会年会（2019年 神戸）
- 開催日：2019年6月24日〜6月26日
- 会場：神戸国際会議場、神戸国際展示場
- 年会長：城 宜嗣（兵庫県立大学）
第18回日本蛋白質科学会年会（2018年 新潟）
- 開催日：2018年6月26日〜6月28日
- 会場：朱鷺メッセ
- 年会長：城所 俊一（長岡技術科学大学大学院 生物機能工学専攻）
第17回日本蛋白質科学会年会（2017年 仙台）
- 開催日：2017年6月20日〜6月22日
- 会場：仙台国際センター
- 年会長：高橋 聡（東北大学多元物質科学研究所）
第16回日本蛋白質科学会年会（2016年 福岡）
- 開催日：2016年6月7日〜6月9日
- 会場：福岡国際会議場
- 年会長：神田 大輔（九州大学生体防御医学研究所）
第15回日本蛋白質科学会年会（2015年 徳島）
- 開催日：2015年6月24日〜6月26日
- 会場：あわぎんホール
- 年会長：辻 明彦（徳島大学工学部生物工学科）
第14回日本蛋白質科学会年会（2014年 横浜）
- 開催日：2014年6月25日〜6月27日
- 会場：ワークピア横浜/横浜産貿ホール マリネリア
- 年会長：佐藤 衛（横浜市立大学大学院 生命医科学研究科）
第13回日本蛋白質科学会年会（2013年 鳥取）
- 開催日：2013年6月12日〜6月14日
- 会場：とりぎん文化会館
- 年会長：河田 康志（鳥取大学大学院 工学研究科/医学系研究科）
第12回日本蛋白質科学会年会（2012年 名古屋）
- 開催日：2012年6月20日〜6月22日
- 会場：名古屋国際会議場
- 年会長：遠藤 斗志也（名古屋大学大学院 理学研究科）
第11回日本蛋白質科学会年会（2011年 大阪）
- 開催日：2011年6月7日〜6月9日
- 会場：ホテル阪急エキスポパーク
- 年会長：米田 悦啓（大阪大学大学院生命機能研究科/医学系研究科）
第10回日本蛋白質科学会年会（2010年 札幌）
- 開催日：2010年6月16日〜6月18日
- 会場：札幌コンベンションセンター
- 年会長：田中 勲（北海道大学大学院 先端生命科学研究院）
第9回日本蛋白質科学会年会（2009年 熊本）
- 開催日：2009年5月20日〜5月22日
- 会場：熊本全日空ホテルニュースカイ
- 年会長：山縣 ゆり子（熊本大学大学院 医学薬学研究部）
第8回日本蛋白質科学会年会（2008年 東京）
- 開催日：2008年6月10日〜6月12日
- 会場：タワーホール船堀
- 年会長：田中 啓二（東京都臨床医学総合研究所）
第7回日本蛋白質科学会年会（2007年 仙台）
- 開催日：2007年5月24日〜5月26日
- 会場：仙台国際センター
- 年会長：熊谷 泉（東北大学大学院 工学研究科）
第6回日本蛋白質科学会年会（2006年 京都）
- 開催日：2006年4月24日〜4月26日
- 会場：国立京都国際会館
- 年会長：三木 邦夫（京都大学大学院 理学研究科）
第5回日本蛋白質科学会年会（2005年 福岡）
- 開催日：2005年6月30日〜7月2日
- 会場：福岡国際会議場
- 年会長：三原 勝芳（九州大学大学院 医学研究院）
第1回環太平洋蛋白質科学会（PRICPS2004）
第4回日本蛋白質科学会年会（2004年 横浜）
- 開催日：2004年4月14日〜4月18日
- 会場：パシフィコ横浜
- 年会長：大島 泰郎（東京薬科大学）
第3回日本蛋白質科学会年会（2003年 札幌）
- 開催日：2003年6月23日〜6月25日
- 会場：札幌コンベンションセンター
- 年会長：稲垣 冬彦（北海道大学大学院 薬学研究科）
第2回日本蛋白質科学会年会（2002年 名古屋）
- 開催日：2002年6月13日〜6月15日
- 会場：名古屋国際会議場
- 年会長：郷 通子（名古屋大学大学院 理学研究科）
第1回日本蛋白質科学会年会（2001年 大阪）
- 開催日：2001年6月1日〜6月3日
- 会場：大阪大学コンベンションセンター
- 年会長：月原 冨武（大阪大学 蛋白質研究所）
